私立厦门大学

1919年8月，陈嘉庚在上海聘任全国教育界名流蔡元培、黄炎培、汪精卫、余日章、郭秉文、胡敦复、黄琬、叶渊、邓萃英等10人为筹备员。

1919年10月召开私立厦门大学筹备委员会第一次会议，拟订《厦门大学组织大纲》，会议推举邓萃英为厦门大学首任校长、郑贞文为教务长、何公敢为总务长。

1921年4月6日，厦门大学借集美学校举行开校式，初创时为私立，设有师范（包括文、理科）、商学两部。

1921年7月4日，林文庆接受陈嘉庚先生邀请继任厦门大学校长， 在林文庆校长掌校期间，陆续增设工学、新闻、法学、医药等科系，初步建成多学科的综合性大学。

到民国19年（1930年）扩充为文、理、法、商、教育5个学院、21个系。

民国25年合并为文、理、商3个学院、9个系。学生由开始时的136人发展到300多人。

国立厦门大学

1937年07月01日，经陈嘉庚函请，南京国民政府同意将私立厦门大学改为国立[4]  。

1937年7月6日，著名物理学家、清华大学教授萨本栋博士任厦门大学校长。

1937年9月4日，由于日军侵犯厦门，学校迁鼓浪屿；11月间，学校定出迁汀计划；12月24日，开始迁移；于1938年1月12日安全抵达。5月间，厦门大学校舍被被日寇炸毁。在闽西长汀期间，师生克服重重困难，坚持教学，学校规模不断扩大。到抗日战争胜利时，厦门大学设置文、理、法、商4个学院、15个系，学生从300多人增加到1000多人。

1945年9月19日，国民政府行政院任命汪德耀博士为国立厦门大学校长。

1946年6月1日，厦门大学校本部开始迁回厦门，长汀各界在体育场举行欢送大会，赠送大匾额一块，上刻“南方之强”四个大字。迁回厦门以后，陆续增设海洋系、国际贸易系和法律系的司法组，学生增至1600多人。

1949年1月31日，前校长萨本栋在美国逝世，按其遗嘱将骨灰安葬在厦门大学校内。

厦门大学

1949年10月17日，厦门解放，厦门市军管会于10月20日委派军代表吴强、肖枫接管厦门大学，组建新的厦大党支部。

1950年5月，中央人民政府任命经济学家王亚南教授为厦门大学校长。

1951年，原省立福建农学院并入厦大，改成厦门大学农学院，原私立福建大学的政治、法律、经济三系并入厦大。

1952年，全国高等院校进行院系大调整。院系调整（“中国高等院校1952年院系调整”）前，厦门大学拥有7个学院。

厦门大学院系调整状况如下：

1：山东大学：1952年，厦大理学院海洋系师生转入山大组建山东大学海洋系。

2：中国海洋大学：山大1958年迁往济南时将海洋系留在了青岛，后发展成为青岛海洋大学，2002年更名为中国海洋大学。

3：浙江大学：1952年，厦大电机、土木、机械三个系各一部分并入浙大。

4：东南大学：1952年，厦大工学院的机械和电机两系以及南京大学、金陵大学、江南大学等高校的部分院系组建成南京工学院，即后来的东南大学。

5：河海大学：1952年，南京大学、交通大学、浙江大学、同济大学和厦门大学等高校水利专业合并，在南京成立了华东水利学院，即现在的河海大学。

6：南京大学：1952年，厦大俄语专业合并到南京大学外文系，俄语专业的学生也转到该校外文系学习。

7：清华大学、北京航空航天大学：1951年5月，厦门大学、西北工学院、北洋大学三校的航空系并入清华，设立清华大学航空学院。上述三校的航空系本非直接参与组建北航（北航于1952年成立)。

8：上海财经大学：1953年的全国院系调整，厦大商学院企业管理系被调整到上海财经学院。

9：同济大学：1952年，厦大土木建筑并入同济大学。

10：内蒙古大学：1957年，以北大，南大，山大，厦大，中山五校为主，国内十余所著名高校（包括清华、南开等）共同创建内蒙古大学。

11：华东师范大学：1924年6月，厦大三百余位教师和学生闹学潮离校到了上海，创办大夏大学。解放后经院校合并，发展为今天的华东师大。

12：华东政法大学：1952年，厦大政法学院（包括政治、法律两系）归并入华东政法学院（今华东政法大学）。

13：上海海洋大学：1972年，厦大水产相关系调出成为厦门水产学院，1979年调往上海，后发展为上海海洋大学。

14：大连海事大学：大连海运学院（1994年更名大连海事大学）是在50年代高校院系调整中由东北航海学院、上海航务学院、福建航海专科学校合并而成，而福建航海专科学校即为从厦门大学分出的航务专科。

15：福州大学：为创立福大，厦大支援物理系数十名教师，化学系2/3，数学系3/4，相当于分出一半理科。

16：集美大学：厦大航海学院与集美水院合并。

17：福建农林大学：农学院与福大农学院合并组建福建农学院。

18：福建师范大学：1954年，文学院教育系并入福建师范学院。

1952年院系调整后的厦门大学只保留文理学院，成为文理科的综合性大学，并在52年之后陆续又有院系调出。

1958年7月，厦门大学下放归福建省管理。

1963年9月，经中央批准，厦门大学改为直属教育部的全国重点综合性大学。

“文化大革命”期间，厦门大学下放给福建省革命委员会领导，大批干部、教师被下放农村，有一部分充任中学教师，有的改行做其他工作。

1966～1970年，厦门大学停止招生5年。

1971年，开始招收“工农兵”学员，时有9个系，除保留1966年的8个系外，福建师范学院教育系迁回厦大开办。

1972年，厦门大学水产相关系调出成为厦门水产学院，1979年调往上海，后发展为上海海洋大学。

1981年12月，被国务院批准为全国首批硕士、博士学位授予单位。

1986年9月12日，举办试办厦门大学研究生院成立大会。

1995年7月，厦门大学进入国家“211工程 ”建设行列。

1996年，厦门大学成为首批获教育部批准建立研究生院的33所高校之一。

1997年4月，厦门大学“211工程”通过教育部组织的专家审定立项建设。

2001年2月，被列入国家“985工程”一期重点建设高校之一。

2001年4月6日，厦门大学漳州校区奠基兴建。

2004年，厦门大学被列入国家“ 985工程 ”二期重点建设高校之一。

2004年7月，厦门大学被增列为中管高校。

2005年底，厦门大学本科教学工作水平以“优秀”的成绩通过教育部评估。

2012年，教育部、福建省政府和厦门市政府在北京签署《重点共建协议》协议，继续重点共建厦门大学。

2012年，学校成立厦门大学马来西亚分校，分校位于马来西亚首都吉隆坡，占地900亩，总建筑面积30万平方米。

2013年，厦门市政府与厦门大学共建厦门大学医学院。

2014年，学校牵头的两个协同创新中心入选国家“2011计划” 。

2015年，组建航空航天学院。